El río Moldava ha provocado muchas inundaciones en el pasado. Inundaciones más o menos fuertes solían producirse regularmente dos veces al año (a finales de invierno y en verano), en algunos años incluso más veces. Entre los siglos X y XIX hubo alrededor de cincuenta inundaciones extraordinarias de extensión inesperada. La inundación de finales de invierno más fuerte que se haya medido llegó en el año 1784 y la de verano en 1890. Las informaciones sobre inundaciones antiguas provienen de crónicas y documentos eclesiásticos conservados. Las viejas marcas del máximo nivel en general no se conservaron a causa del levantamiento de los muros en las riberas. Con la excepción de la línea que marca el nivel del agua con la fecha de 1784 en la pared de la casa No 514 en Kampa, visible desde el Puente de Carlos. La mayoría de las marcas de inundaciones conservadas provienen de los años 1890 y 2002.
Año 1002
la inundación más antigua conocida
Año 1118
La inundación de septiembre fue descrita por su contemporáneo Kosmas en su Crónica. En esa ocasión el Moldava culminó mucho más alto que el puente en Praga (aparentemente uno de madera) y se llevó muchos pueblos, casas de la zona debajo del Castillo, cabañas e iglesias.
Año 1342
Del 1 al 3 de febrero, la inundación llegó después de un invierno muy frío y cruel, por causa de la acumulación de agua de la nieve y lluvias. La cantidad de hielo grueso derribó el puente de Judith – el primer puente de piedra de Praga y el segundo de Europa, construido entre 1159 y 1172 por encargo del rey Vladislav I.
Año 1432
Del 21 al 27 de julio. La inundación fue causada por una lluvia fuerte repentina tras un período de gran sequía y el agua alcanzó el nivel más alto conocido. En la iglesia de San Egidio culminó a 3 codos (1,77 m) sobre el nivel del suelo. La corriente derribó cinco pilares del Puente de Carlos, se llevó todos los molinos y damnificó un gran número de casas. Se andaba en barcas por la Plaza de la Ciudad Vieja.
Año 1784
Del 26 al 28 de febrero. La inundación llegó después de un período bastante largo sin desbordamientos, tras un invierno excepcionalmente largo y duro con grandes cantidades de nieve, y fue provocada por un deshielo repentino de varios días en combinación con lluvias fuertes y derretimiento de la capa de nieve. El caudal fue estimado a más de 4500 m3/s, así que esta inundación es considerada la segunda más grande de la historia (después de la del año 1432). El río culminó a 6 m por encima de su nivel normal.
Año 1845
Del 28 al 30 de marzo. Después de un invierno largo y frío llegó un deshielo con lluvias. El caudal del Moldava en Praga alcanzó 4500 m3/s. El río tenía alrededor de un kilómetro de ancho en la zona del Puente de Carlos. Tuvieron que ser evacuadas siete mil personas. Más de 3100 casas fueron inundadas. Se trata de la tercera inundación más grande en la historia de Praga.
Año 1890
Del 2 al 5 de septiembre. Las inundaciones afectaron toda Bohemia. Llovía mucho todo el año, además no paró de llover durante cuatro días enteros entre el 1 y el 4 de septiembre. La inundación empezó en alto Moldava y en el río Malše. El agua culminó en Praga el 4 de septiembre entre las 20 y 22 horas con un caudal de 3970 m3/s. Montones de troncos y otros materiales acarreados quedaron atascados entre los pilares del Puente de Carlos. El nivel del agua subió a más de 5 m por encima del nivel normal. El río inundó la Ciudad Vieja, Střelecký ostrov, Žofín, Kampa, parte del Barrio Chico, Josefov, Karlín, Troja, Štvanice, Libeň y otros lugares. El 3 de septiembre en la noche entró agua a la sala de calderas y la sala de máquinas en el Teatro Nacional así que la función tuvo que ser suspendida. Más tarde en la misma noche murieron veinte soldados zapadores cerca del Hospital de veteranos en Karlín al tratar, a la orden de su comandante, de desmantelar un pontón militar para evitar su destrucción. El 4 de septiembre a las cinco y media de la mañana el Puente de Carlos cedió. Tres arcos cayeron al Moldava y dos pilares sufrieron graves daños. Alrededor de 4000 casas fueron inundadas, varias personas murieron. Incluso después de haber bajado el agua hubo más muertos a causa de una epidemia. El tráfico volvió a pasar por el Puente de Carlos recién el 19 de noviembre de 1892.
Año 2002
12 de agosto
Fue declarado el tercer grado de alerta = peligro inminente. En la noche el equipo de manejo de crisis decidió evacuar los distritos de Karlín, Libeň, Holešovice, Barrio Chico, Smíchov y otros. La operación de la línea C del metro entre las estaciones de Florenc y Nádraží Holešovice fue suspendida y algunos vestíbulos del metro fueron cerrados.
13 de agosto
Pasan por Praga 2070 m3 de agua por segundo. Termina la evacuación voluntaria y empieza la evacuación organizada, con asistencia de la policía. El agua irrumpió en el Parque Zoológico. Los puentes de Praga cierran para el tráfico. A mediodía la riada superó la magnitud de una inundación de cien años a 3700 m3/s. En la tarde el caudal alcanza 4500 m3/s. Cierran más estaciones de metro y se instalan barreras protectoras de sacos con arena.
14 de agosto
Moldava alcanzó su nivel máximo en Praga-Chuchle – la inundación culmina: el nivel de agua creció hasta 785 cm y resultó imposible medir el caudal, los dispositivos de medición fueron destruidos por el agua que desbordó del cauce. Los hidrólogos estimaron el caudal a 5300 m3/s. En agosto suelen pasar por la ciudad unos 50 m3/s. En la tarde el caudal culminó en unos 5800 - 6000 m3/s. Por consecuencia, la inundación fue declarada la peor inundación en quinientos años. En las regiones al sur de Praga se trataba tal vez de la peor inundación en mil o incluso más años. Una octava parte de la superficie de la capital estaba bajo agua, una gran parte de la ciudad quedó sin suministro de electricidad y gas. El metro se llenó de agua, 19 estaciones fueron inundadas.
Durante la inundación fueron evacuadas 50 000 personas, sobre todo de Karlín, Barrio Chico, Holešovice, Libeň. Los distritos de Zbraslav, Radotín, Chuchle, Lipence y Lahovice se convirtieron en un lago grande. La Ciudad Vieja tuvo más suerte – el nivel de Moldava dejó de subir a 24 cm desde el borde superior de las barreras anti-inundación. En Karlín empezaron a derrumbarse casas, partes de Podbaba, Troja y otras zonas estaban debajo del agua, cerraron seis puentes en la capital, la terminal de buses Florenc y por un tiempo también la estación de trenes Masarykovo nádraží. La única manera de trasladarse por Karlín y Holešovice era en barca.
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